油墨及其清洗用的废水必须有指定可允许的污染物质的排放的许可。这个许可称为国家污染物排放系统（NPDES），有时是州立的污水排放系统（SPDES）。这些许可对污水允许排放的程度有非常严格的限制，并要监测排放的污水，定期水的受体，保持和报告所做的记录。设计曝化的系统只能处理卫生废水。工业废水不能排放到曝化池或曝化系统中。将工业废水排放到曝化系统中可导致地下水污染，还需要高成本的清洁。排放到公共的污水处理厂（简称POTW）是印刷厂最通用的废水处理方案。一些污水处理场需要所有企业排放处理过的废水，以达到当地的排放许可，有的地方要有根据当地法规让污水处理厂接受印刷废水的协议。

 很多印刷厂选择只处理它们的废水处理，而将废墨处理作为废物管理的另一部分时，也有一些厂子选择直接将废墨直接加入废水中。这一般会增加水中悬浮物的数量，需要更有效的、更昂贵的方法来处理在化学处理中产生的污泥。最后，会有更多的废水需要进行处理。已经提供了简单地过滤方式作为处理废水、除去固体物和一些颜色的方法，但是大多数废水是柔版印刷和清洗时由油墨、水和清洗液产生的乳化液。要有效地处理这种废水要先通过化学分离打破乳化液，然后用物理方式过滤所产生的物质。

有不少化学药品可用来打破这种乳化液，然后进行下列处理：·中性化——调整PH值，使其回到中性的范围。 

·吸收——从水中吸收所选择的化学药品和悬浮的固体。 

·凝结——在凝聚中不断积累。 

·掩埋——无毒害的工业垃圾掩埋法最适于处理化学物质的固态物。 

·物理的过滤——使用带式过滤器或过滤器压缩机。 

通过培训印刷机操作人员做到以下各点可减少清洗过程中所用水的数量。 

·尽可能将油墨回收到容器里。 

·彻底擦净印刷机部件后再用水清洗。

·（在油墨干燥之前）迅速清洗输墨装置可增加清洗效率。 

·使用低流量的喷嘴。 

·使用限制水流量的设备。 

印刷机的清洗可改成下面的三步清洗工艺，目的是使用废水。 

·第一步：大部分油墨用脏水除去。 

·第二步：第一步骤所剩下的油墨用较不脏的水清洗。 

·第三步：剩下的油墨用清水冲洗。 

发现经过过滤的废水如果污染程度不高的，必要时可用来稀释油墨。